За Домом культуры «Автотэк» располагается здание таможни. Её история начинается с создания в 1989 году на территории Магаданского морского торгового порта таможенного поста как структурного подразделения Петропавловск-Камчатской таможни. На начальном этапе деятельность Магаданского таможенного поста обеспечивалась командировавшимся для этих целей работником Петропавловск-Камчатской таможни.
Согласно приказу ГТК СССР № 92 «О создании новых таможенных органов» от 12.09.1991 года Магаданский таможенный пост, имевший к тому времени 6 единиц, был реорганизован в Магаданскую таможню, подчинив ей таможенный пост «Сокол» (5 единиц) и определив зоной её деятельности территорию Магаданской области.
В 1995 г. Таможня получила собственное обустроенное трехэтажное административное здание по ул. Ш. Шимича 6, кор. 1.
В честь 20- летнего юбилея со дня образования 16 сентября 2001 года в Магаданском областном краеведческом музее была открыта выставка «Возвращено государству». В день её открытия заместитель директора музея Светлана Будникова вручила начальнику Магаданской таможни копию докладной записки от 23 декабря 1943 года, адресованной заместителю Народного комиссара внешней торговли СССР, следующего содержания:
«Объём работы таможенного поста в бухте «Нагаева» значительно увеличился. Утвержденный штат поста, в количестве 3-х человек недостаточен.
Является необходимым таможенный пост в бухте «Нагаева» преобразовать в самостоятельную таможню, подчинив её в оперативном отношении Владивостокской таможне. Штат таможни установить 7 человек, согласно прилагаемого штатного расписания, за счет штатов Владивостокской таможни» подпись – зам. начальника Главного таможенного управления Сафаров.
На основании докладной записки Приказом по Народному комиссариату внешней торговли СССР № 216 от 30 декабря 1943 года Таможенный пост Владивостокской таможни в бухте Нагаева был преобразован в самостоятельную Нагаевскую таможню. Данный документ в настоящее время находится в Российском государственном архиве экономики (г. Москва).
Как отмечают историки, преобразование таможенного поста в бухте Нагаева в самостоятельную таможню было необходимо в связи с увеличившимся товарооборотом в рамках государственной программы Ленд – лиз.
Таким образом, на основании имеющихся документов можно смело заявлять о том, что таможня в Магаданской области действует с 1943 года.
С 1 октября 2020 года Камчатская и Магаданская таможни реорганизованы путем присоединения к Сахалинской.